生物工程系设有生物工程专业，分为生物制药和食品生物技术两个方向，具有生物化工硕士学位和博士学位授予权。生物工程系现有教师9人，博士学历比率达100%，承担化工学院本科、硕士及博士的专业课程教学，主要研究方向有生物医药及其剂型加工与应用、食品生物技术产品开发及应用、生物农药及其剂型加工与应用、生物肥料开发与应用、生物质表面活性剂开发及应用等。近年来，生物工程系教学成果显著，有多门课程被列为辽宁省一流本科课程，指导学生参加国家级、省级A类竞赛屡获佳绩。另外，生物工程系在现代农业、功能型食品、工业微生物菌种转化和分子生物学诊断等方面取得了突出的成绩。
机构内岗位及人员：
主 任： 郝晓亮（副教授，博士，硕士生导师）
支部书记：魏伯峰（讲师，博士）
教师：张 伟 （教授，博士，硕士生导师）
教师： 王? 勇（教授，博士，博士生导师）
教师： 徐英黔（副教授，博士，硕士生导师）
教师： 姜忠良 （副教授，博士，硕士生导师）
教师：张 丽（讲师，博士）
教师：张程（讲师，博士）
教师：孟凡池（讲师，博士）